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CueMol2

チュートリアル

• CueMol2 GUIのチュートリアル
• CueMol2を使用して論文用の図を作ろう

• CueMol2 GUIのチュートリアル動画１@togotv
• CueMol2 GUIのチュートリアル動画２@togotv

マニュアルなど

• Renderer groupについて
• Object, Rendererなどのコピー・ペースト
• Scene保存時のオプション
• Styleについて
• Cameraについて
  • Camera情報を外部ファイルに保存しシーン間で共有
  • Cameraにrenderer等の表示・非表示状態を保存する
• 色の指定方法
• 分子
  • 英語版: CPK renderer
  • 英語版: Ballstick renderer
  • Disordered領域の表示 (disorder renderer)
  • タンパク質のRibbon表示
  • タンパク質のCartoon表示
  • Nucleic acidの表示 (nucl renderer)
  • Tube表示 (tube renderer)
  • 二次構造の割り当て
  • 分子の重ね合わせ
  • 矩形による原子の選択
  • 選択文法のマニュアル
  • 新たな共有結合をつくる
  • 相互作用の自動抽出
  • 分子に対する着色
• POV-Rayによるレンダリング
  • POV-Ray rendering dialogについて
  • 半透明の物体のレンダリング
  • Materialについて
  • エッジ線描画とアニメ調レンダリング(Toon rendering)
  • Radiosity法を使用した奥行き感のあるレンダリング
  • 光源の設定について
• その他形式のレンダリング・Export・Import
  • PNG画像ファイル等への直接書出し
  • POVファイルへの直接書出し
  • 外部ソフトWarabiによるアニメ調レンダリング(Toon rendering)
  • その他3Dソフトウェア/CAD形式への書出し
  • PyMOL session fileの読み込み
• 分子表面(溶媒接触表面)
  • 分子表面の作成
  • 分子表面の表示
  • 分子表面の断面生成
• Electrostatic potential map
  • APBSとPDB2PQRのインストール
  • APBSによる静電ポテンシャルマップの計算
• 電子密度マップ・ボリュームデータ
  • 電子密度マップ・ボリュームデータのメッシュ表示
  • 電子密度マップ・ボリュームデータの面表示
  • GPUを利用した電子密度マップの表示
• アニメーション
  • 基本と単純スピン
  • 複数アニメーションの組み合わせ・Quadric値
  • カメラの移動
  • 表示・非表示の変化
  • 分子のmorphing
  • POV-Rayレンダリングと動画ファイルの作成
• 環境設定その他
  • OpenGL shaderの無効化
  • Stereo glassとhardware stereo (Windowsのみ)
  • Software updateの告知
  • UIの言語
  • Multi-touch trackpad (MacOS Xのみ)
  • 分子ビューのmouse操作設定
  • Crash時のメモリーイメージダンプ
• ActiveX control, mobile device versionなど
  • ActiveXコントロール
  • Light-weight sceneについて
  • iOS版CueMol viewerについて

• Build方法など
• Scripting interface

その他

• NVIDIA 3D vision用ケーブルの自作

CueMol1

CueMol1の方は配布とドキュメントの公開は続けておりますが， 現在開発を終了しており，バグフィクス等のサポートができない状態ですのでご了承ください．

チュートリアル

• CueMol1.1 GUIのチュートリアル
• CueMol1.1 QScriptのチュートリアル

その他マニュアルなど

• HowTo/その他の雑多なメモ
  • 非標準（天然アミノ酸・AT/UGC以外の核酸）残基のトポロジーの扱い方．
  • 分子表面(molsurf)レンダラーの複雑な着色．
  • 分子表面(溶媒接触表面)の断面生成．
  • CueMolの出力したPOVRayファイルを編集して手の込んだ図を作る．
  • 分子選択文法のリファレンス
  • ballstick, CPK等で複雑な着色をしたい場合
  • ファイルの関連付けについて
  • QScriptで外部ファイル入出力
  • ファイルOpen時のoption設定
• Model buildingと編集機能
• ActiveXコントロール
• リファレンス マニュアル
• QScript文法リファレンス（未完成）
• ソースからのビルド方法