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Tube renderer

Tubbe rendererは蛋白質や核酸の主鎖を滑らかなチューブでつないで表示するrendererです.

tube-sample1.png

Tubeには以下のような設定項目があります.

Tube断面形状の設定

Sectionは,tubeの断面の形状に関する設定項目です.

tube-section1.png
Type
断面の形状を指定する.設定内容はribbonと同じなので,cuemol2/RibbonRenderer#helix_sectionを参照してください.
Detail
断面のポリゴン分割数を指定する.大きい値を指定するほど細かく分割されて表示がきれいになるが,描画スピードは低下する.Rendering後の画像で角ばったように見える場合は,後述Axial detailとともに増加させると解消される.
Width1, Width2
Tubeの太さをÅ単位で指定する.Width1で横方向,Width2で縦方向の長さ(半径)を指定する.
左はWidth1 (0.5 Å)>Width2 (0.1 Å),右はWidth1 (0.1 Å)<Width2 (0.5 Å)の場合.(Typeはelliptical)
tube-width-sample1.png tube-width-sample2.png
Sharpness
設定内容はribbonと同じなので,cuemol2/RibbonRenderer#helix_sectionを参照してください.

Puttyの設定

PuttyはB-factorなどのパラメータに応じてtubeの太さを変える表示設定です. パラメータの最大値で太さがHigh scale倍に太くなり,最小値で太さがLow scale分の1に細くなります.その間の値を持つ部分については連続的(線形補間)に変化します.

tube-putty-sample1.png

以下のような設定項目があります.

tube-putty1.png
Mode
Offはputtyを使用しない(太さ一定に).Linear, Scalingはtargetに指定したパラメータに応じて太さを変化させるputty modeになる.
Target
太さを変化させるターゲットを指定する.B-factorかOccupancyを選べる.
Low scale
パラメータの最小値における太さのscaling値.最小のパラメータを持つ残基の部分でtubeの太さがLow scale分の1に細くなる.defaultだと1/3に細くなるようになっている.
High scale
パラメータの最大値における太さのscaling値.最大のパラメータを持つ残基の部分でtubeの太さがHigh scale倍に太くなる.defaultだと3倍に太くなるようになっている.

その他の設定

そのほか,以下のような設定があります.

  • Axial detail
  • Smoothness
  • Smooth color
  • Pivot atom name
  • Start/End type

いずれもribbon rendererの類似の設定と同じ意味を持ちますので,詳しくはcuemol2/RibbonRenderer#common_settingsを参照してください.


Last-modified: Sun, 22 Mar 2015 17:40:06 JST (1969d)