cuemol2/SceneSaveAsOption

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Scene保存時のオプション

CueMol2 2.0.1.145以降では， 新たに名前を付けてScene保存を行う時に， 以下のようなオプション設定ダイアログが表示されるようになりました．

Objectの埋め込み設定

分子(MolCoord)や分子表面(MolSurf) Object等に関しては， デフォルトでは， 必要な場合にのみ自動的にqsc形式ファイルに埋め込まれて保存されるようになっています．

例えば，分子を重ね合せ等で移動してしまって，読み込んだオリジナルのファイルと座標等が変わってしまっている場合はqscファイルに埋め込まれるようになりますが， そうでない場合は，qscファイル中には分子PDBファイルへのリンク情報のみが保存されます．

そのため，qscファイルのみを移動してしまうと，リンク切れが起こってしまいqscファイルが再度開けなくなる可能性が出てきます．（ちゃんとPDBファイルの方も一緒に移動すれば問題ないのですが．．．）

そこで，上記のEmbed all objectsというチェックボックスをonにしてqscファイルを保存すると， 変更有り無しに関わらず，常にqscファイル中に分子Object等が埋め込まれて，保存されるようになります．

注意点

Version 2.0.1.145の時点では，電子密度など一部のObjectは埋め込むことができません． この設定をONにしても依然リンクとして保存されるため，qscファイルを持ち出す場合は元データも同時に持ち出さなければなりません．

File version

書き出すqscファイルのバージョン情報を指定します．

QDF0

デフォルトではQDF0になっています．QDF0にしておくと2.0.1.145以前のバージョンのCueMol2でも 読み込むことができる形式で保存されます．

QDF1

一方，version 2.0.1.145から導入されたQDF1形式では，ファイルの圧縮などが可能になりますが， より古いバージョンでは読み込むことができない形式になります．

Enable text encodingは，埋め込まれたObjectの情報がすべてbase64エンコードされ， テキスト形式で保存されます． 保存したqscファイルの内容をテキストエディターなどで編集する予定がある場合は， このオプションをONにして保存したほうが安全でしょう． base64エンコードする弊害として，ファイルサイズが約4/3倍に増加します．

Enable compressionをONにすると，埋め込まれたObjectの情報をgzip圧縮して保存されます． 出来上がるqscファイルのサイズが（場合にもよりますが）より小さくなります．