CueMol: Documents/GUIのチュートリアル(CueMol2)/Step2-1

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複数の分子の読み込み

さらに，他の分子を読み込んでみます(PDBファイルの読み込み参照)．ここでは例としてグルタミルtRNA合成酵素とtRNA(Glu)複合体の結晶構造を用いています (PDBID: 1G59)．オブジェクト名は1G59に，Rendererはtraceにします．

"trace"レンダラーでは，デフォルトでは上図のように蛋白質だとCA(α位炭素)原子，核酸だとP(リン酸基のリン)原子のみが直線でつながれて，表示されます．

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Scene, Object, Renderer, View

以下の説明では，Scene, Object, Renderer, Viewという概念が頻出するので，ここで説明しておきます．

Object: 分子座標や電子密度，表面電荷などの，データ的なものに対応する．CueMol2中に存在しても画面(View)上には直接現れてこない．
Renderer: 上記のObjectを画面(View)に表示する役割を持つ*1．１つのObjectには複数のRendererを接続でき，１つの分子データもさまざまなかたち（たとえばRibbonとBallstick等）で表示可能となる．画面(View)上に直接現れてくるのは，このRendererのみである．
Scene: オブジェクトが複数集まったもので，１つのシーンを構成するもの．CueMol2では，図のように１つのアプリの中で，複数のシーンを読み込んで操作することができるが，各Sceneは独立しており，お互い干渉することはない（ObjectやRendererをScene間で移動することはできない）．
View: アプリ上の画面に出てきている部分に相当する．１つのView中には，接続している１つのシーンの中のRendererのみが表示される．また，１つのシーンには複数のビューを接続できる．

以上の図のように，シーンは，複数の分子などのオブジェクトと，それらに接続されているレンダラーを含む全体をあらわすものと捉えてもらえばよいと思います．複数Sceneや複数Viewを扱う方法などは後で出てきます．

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"シーン"パネル

現在CueMol上に読み込まれているオブジェクトの一覧は， シーン(Scene) パネルに表示されています．

Sceneパネル，中央部分には図のようにツリー状の一覧表示があります．

一覧中の，最上位にはシーンの名前（後述）が表示されています．
また，最下位にはCameraという項目がありますが，これも後述．
中央部分のツリー表示には，CueMol中に読み込まれているオブジェクト（分子等）と，それに接続されているレンダラー（表示）が階層状に表示されています．

名前の左の三角をクリックすると，そのオブジェクトに接続されているレンダラーが非表示になったり，展開されて表示されたりします．

"Name"カラムにはオブジェクトやレンダラーの名前が表示されています．
さらに，名前の横の括弧中には，オブジェクトやレンダラーのタイプが表示されています．例えば，

シーン「Untitled 1」中には，lysozymeと1G59という２つのオブジェクトがある．
- オブジェクト1G59のタイプはMolCoord (分子座標)である．
- 1G59には，２つのレンダラーが接続されている（trace1と名無し）
  - レンダラーtrace1のタイプは，trace (主鎖トレース表示)である．
  - 名無しのレンダラーは，タイプが*selectionである．

ということになります．
上述のように，レンダラーが名無しの場合は括弧とタイプだけ表示されます．
ちなみに，上記の*selectionタイプを持つ名無しレンダラーは，選択部分をハイライト表示するためのレンダラーで，分子を読み込むと勝手に作られます．

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表示・非表示とロック

ツリー表示の横のカラム(Vカラム)に目玉印がありますが，これをクリックするとそのレンダラーの表示・非表示が交互に変化します．オブジェクトのばあいは，そのオブジェクトに接続している全レンダラーが表示・非表示されます．

さらにその隣には，最上部にLと書かれたカラムがありますが，これをクリックするとその項目のロック・非ロック状態が交互に変化します．ロックされている項目には，上図のように鍵アイコンが表示されます．ロックされているレンダラーは，クリックなどに反応しなくなります．オブジェクトのばあいは，そのオブジェクトに接続している全レンダラーがロックされます．

上図では，lysozymeオブジェクトがロックされた状態になっています．この状態では，lysozymeに接続したレンダラーすべてがクリックに反応しなくなります．

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