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「選択(selection)」

CueMolでは,分子モデルの"一部分"のみに対して何か操作を行うとき(たとえばリボン表示を追加する等),まずその"一部分"を選択してから操作を行います.そのため,選択操作は非常に重要です.

右クリックメニュー(context menu)による選択

前ページで説明したように右クリックで以下のようなコンテキスト・メニューが表示されますが,

gui_ctxtmenu.png

"Select"何とか,というメニューを選ぶと,

  • atomなら原子
  • residueなら残基
  • chainならチェイン
  • moleculeなら分子オブジェクト全体

がそれぞれ選択されます.

ちなみに,「Add select」以下にも同様のメニューがありますが,違いは,Add selectのほうは現在選択されている状態を変えずに,指定された選択を追加する点です.なので,こちらを使えばどんどん選択を追加していくという使い方ができます.

選択された部分の表示

選択した部分は,下図のように半透明で強調表示されます.

selected_hilite1.png

ともかくも全部選択

ともかくも,分子全体を選択したい場合がよくあります.こういう場合は,上図のコンテキストメニューから,「Select this molecule」を選ぶと,クリックした分子全体が選択されます.

選択解除など

同様に,上図のコンテキストメニューから,「Unselect」を選ぶと,クリックした分子が全く選択されていない状態になります.

さらに,「Invert」を選ぶと,選択が反転します(現在選択されていないところが選択され,選択されているところは選択解除される)

"MolStruct"パネルで選択

MolStructパネルから,鎖名(chain name),残基番号(residue number)等で分子を選択できます.MolStructパネルは通常表示されていますが,表示されていない場合はMenuのWindow→Panels→MolStructで表示させます.

molstruct_panel1.png

パネル上方のドロップダウン・リストには現在読み込まれている分子モデルの一覧があります.このドロップダウン・リストで選択されている分子モデルが,以下の選択の対象になっています.この時点では1つしか読み込んでいないので"lysozyme"しか表示されていません.

パネル中央のツリー表示には,分子構造が階層的に表示されています. トップレベルに鎖名(chain name), 次の階層に残基番号と残基名, 最下層に原子名と元素名(括弧内)が表示されます. 各階層は,ラベルの左側にある三角印(OSによって表示が異なるので注意)をクリックすることで開閉できます.上図ではGly4 (4番グリシン残基)が原子レベルまで開かれている状態です.

さらに,各項目はクリックで選ぶことができます.Ctrl+Clickでクリックしたものを複数選択できます.Shift+Clickで,範囲を指定して選択できます.この辺は他のWindowsアプリと同じです(Macでは若干挙動が異なる).

molstruct_panel2.png

上図では,Val2とPhe3が選ばれている状態です.

さらに,左下の矢印ボタンを押すと,分子中の対応する部分が選択されます. 若干ややこしいですが,ツリーをクリックして選んだだけでは,(分子としては)まだ選択されていないことに注意してください. 矢印ボタンをクリックして,初めて分子の方も選択されるわけです.

一方で,隣のCenter atボタンを押すと,ツリーで選ばれている部分が選択されたうえで,視点が移動して選択領域が画面中央に来ます. また,Zoom atボタンも同様に選択領域が画面中央に来ますが,選択領域の大きさに合わせて画面の拡大率も変化します.

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Last-modified: Sun, 15 May 2011 11:54:37 JST (3817d)