../

Linuxでのbuild

CentOS 5.Xでの場合.(それ以外のdistrでも,xulrunnerがちゃんと動くようなら一応動くのでは.未確認.)

Ubuntu amd64では動くようです(Biochem_fanさんに感謝!). http://pastebin.com/uHcmVrE8

必要なソフトウェア・ライブラリ類のインストール

  • xulrunner SDK
  • BOOST C++ Libraries
  • FFTW
  • CGAL
  • glew

※ライブラリーのうちBOOST以外は特定のモジュールからしか使用されていないので、 以下の例ではなるべくstatic libraryとして作ってリンクするようにしている。 (もちろん全部shared libraryとして作って実行時リンクするようにしても構わない。)

xulrunner SDK

MacOSXの場合と同様.

ftp://ftp.mozilla.org/pub/xulrunner/releases/からdownloadできる. CueMol2のバージョンに合ったバージョンのSDKを用いる必要がある。 2.2.0では23.0.1を使用している。

SDKのほうを, ~/src/xulrunner/xulrunner-sdk/以下に展開する.

Runtimeのほうを, ~/src/xulrunner/xulrunner/以下に展開する.

Xulrunner 23.0.1を使用した場合は,SDKとruntimeを使用すればOK. Sourceからbuildする必要はなかった.

BOOST C++ Libraries

多くのlinux distributionでは,パッケージとしてBOOSTが最初から入っている場合が多い.それでコンパイルできて動く場合は問題ないが,うまくいかない場合は自前で最新版を入れた方がよい.

Version 2.1.0では1.44.0を使用している.ちなみに1.52.0を使用したらconfigureが通らない(他のlibにboost_systemへの依存が出来ているため.要改善)

自前で入れる場合はhttp://www.boost.org/から取得できる. 方法はMacOSXの場合と大体同様. すべてのlibraryのbuildを行う必要はない.~/app/boost以下にインストールされるべくbuild.

ただし,MacOSXの場合と同様にsoが配置されない場合は,手動でコピーする必要有り.

具体的には:まずソースを展開後、bjamをbuildする。

 cd boost_1_44_0
 ./bootstrap.sh --prefix=~/app/boost

次に、bjamでビルドする。以下のようなshell scriptを作成して必要なものだけbuildするようにした。

 #!/bin/sh
 instpath=~/app/boost
 ./bjam \
   --prefix=$instpath \
   --exec-prefix=$instpath \
   --libdir=$instpath \
   --includedir=$instpath \
   --with-date_time \
   --with-filesystem \
   --with-iostreams \
   --with-program_options \
   --with-regex \
   --with-system \
   --with-thread \
   link=shared,static threading=multi install

ただし、上記iostreamsはbzip2の開発環境(bzip2-develなど)がinstallされていないとbuildに失敗する。 (iostreamsは使用していないので省いても良いかも)

実際にはinstallしてもうまくいかない。bjamのscriptが期待するdirectory構成と違うようにinstallされてしまうため。以下のようにファイルを移動してcuemolのautoconf scriptから参照しやすいようにした。

  • 1.44では、$instpathに直にインストールされていたので、$instpath/libを作って、そこに移動。
  • include filesも、$instpathに直にインストールされてしまうので、$instpath/includeを作って、boostをそこに移動

FFTWのインストール

http://www.fftw.org/download.htmlから取得可能。

基本的に、configure/makeでOK。あと、defaultでstatic libraryがbuildされるが、それでOK. 最終的にはsoとしてbuildされるため,-fPICは(static libraryであっても)つけておく必要がある.

 env CFLAGS="-fPIC -DPIC" \
     ./configure \
     --enable-float \
     --prefix=$HOME/proj/fftw \
     --disable-fortran \
     --disable-shared

CGAL

  • version 3.8を使用
  • CMakeはOSのパッケージのものでOK
  • cmakeの実行
     cd CGAL-3.8
     cmake -DBOOST_ROOT=$HOME/proj/boost/ \
           -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/proj/CGAL-3.8/ \
           -DBUILD_SHARED_LIBS=FALSE \
           -DCMAKE_CXX_FLAGS="-fPIC -DPIC" .
  • makeの実行
  • make installの実行

※-fPICは入れないとsoとlinkできない

glewのインストール

  • version 1.7.0を使用
  • Sourceを展開して単にmake.configureとかはない.以下のように環境変数GLEW_DESTを指定してinstall先を変更($HOME/proj/glew).
     env GLEW_DEST=$HOME/proj/glew CFLAGS.EXTRA="-fPIC -DPIC" make
     env GLEW_DEST=$HOME/proj/glew make install
  • $GLEW_DEST/lib64以下にlibraryがinstallされるが、shared objectは使わないので消しておく。消さないとsoの方が優先的にリンクされてしまう。

※当たり前だがX11やOpenGLの開発パッケージがインストールされている必要がある。
CFLAGS.EXTRAでPICオプションを指定しないと、後々shared libraryとしてリンクできなくなる。

Repositoryからチェックアウト

MacOSXの場合と同様.すなわち,

  • Anonymous (http)
     git clone https://github.com/CueMol/cuemol2.git cuemol2
  • 特定ユーザー (ssh)
     git clone git@github.com:CueMol/cuemol2.git cuemol2

以下では~/proj/cuemol2以下にcheckoutしたとする.

configureスクリプトの実行とbuild

以下buildは,~/proj/cuemol2/uxbuildにて行うのでcdで移動.

configureを走らせるためのスクリプトrun_config.shが,~/proj/cuemol2/uxbuildにあるので,必要に応じて編集.(これを使わなくても出来なくもないが,いちいちキーボードから入力するのは面倒なので)

library等のインストール位置を上述から変更していない場合は, CVS repositoryにあるrun_config.shは,ライブラリーのインストール位置が 上述と合致しないため,変更が必要.

gecko_sdk_dir=$HOME/src/xulrunner/xulrunner-sdk/
gecko_rt_dir=$HOME/src/xulrunner/xulrunner/
boost_dir=$HOME/app/boost

エラー無くconfigureスクリプトが生成され,さらにMakefileが生成されたら,makeコマンドを実行.buildが行われる.

  • 基本的に出来上がりはすべてso (shared object)になるので環境によっては-PIC -fPIC引数が必要(ubuntu amd64の場合).

試し実行

make installを行うと,~/proj/cuemol2/xul_gui以下に必要なファイル類が配置される.xulrunnerの引数に,~/proj/cuemol2/xul_gui/application.iniを与えて起動すれば動くはず.

~/src/xulrunner/xulrunner-sdk/bin/xulrunner ~/proj/cuemol2/xul_gui/application.ini

うまくはしらない場合は,MacOSXの場合と同様

 setenv NSPR_LOG_MODULES linker:5

を使うこともできるが,あまり有用な情報は出ない模様. 一方,ld.soの設定LD_DEBUGをつかって

 setenv LD_DEBUG libs

とすると,どのsymbolがみつからなくてどのsoのloadがコケたか詳しく出てくる.

インストールパッケージの生成

/proj/cuemol2/uxbuild/uxdistに移動し、make distを実行するとインストールパッケージ(tar.bz2形式)が作られる。

 cd uxdist
 make dist

できるファイルは、CueMol2-<version>-Linux-Intel64.tar.bz2になる。 このパッケージ中のbin/cuemol2を実行すると起動する。


Last-modified: Thu, 06 Nov 2014 14:31:05 JST (3008d)