Documents/QScriptのチュートリアル/StepA5CueMol: Molecular Visualization Framework |
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] 表面電荷により分子表面を着色するCueMol自身には表面電荷を計算する機能がありませんが, Grasp や DelPhi で計算した表面電荷ファイルを読み込んで表示することができます. まず,IRIX上のGraspで表面電荷を計算します.そして,計算結果を"blm.pot"というファイルに保存してからFTP等でWindows上に持って来ます(上記ファイルにはすでに結果が含まれています). DelPhiならLinux等他のOSでも動くようですが. 01: $pwd = sys.getScriptPath(); 02: 03: qobj.readObj("PhiMapReader",$pwd+"blm.pot","blmpot"); 04: $surf = readMSMS($pwd+"blm.face", "surf"); 05: $r_sf = $surf.createRend("r_sf", "molsurf"); 06: $r_sf.setProp("scalarobj", "blmpot"); 07: $r_sf.setProp("colormode", 1); 08: $r_sf.setProp("lowpar", -10.0); 09: $r_sf.setProp("lowcol", color(1.0, 0.0, 0.0)); 10: $r_sf.setProp("midpar", 0.0); 11: $r_sf.setProp("midcol", color(1.0, 1.0, 1.0)); 12: $r_sf.setProp("highpar", 10.0); 13: $r_sf.setProp("highcol", color(0.0, 0.0, 1.0)); 14: 15: $mol = readPDB($pwd+"blm_ab_nosec.pdb","blm_ab"); 16: 17: $mol.select(%{resn blm%}); 18: $r_blm = $mol.createRend("r_blm", "ballstick"); 19: $r_blm.setProp("sphr", 0.5); 20: $r_blm.setProp("bondw", 0.4); 21: 22: gfx.setCenter($r_blm.getCenter()); 23: gfx.updateView();
注意点
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