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Documents/QScriptのチュートリアル/StepA4CueMol: Molecular Visualization Framework |
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[ このページのサンプルファイル: tar.gz format or zip format ] 現在のところ，CueMolには分子表面を計算する機能はありませんが， 分子表面生成ソフトMSMSが出力した分子表面データを読み込み 表示することが可能です． MSMSによる分子表面の計算MSMSの入力には，PDBファイルではなくXYZRという形式の座標ファイルが必要です． MSMSに付属のpdb2xyzrで変換することもできますが， CueMol自体で変換することができます． メニューの"File"→"Save as ..."で"名前を付けて保存"ダイアログを表示し， 形式選択コンボボックスで"XYZR coordinates (*.xyzr)"を選択し保存すると， XYZR形式で座標が書き出されます． ここでは，step1〜4で使用したのと同じブレオマイシン結合たんぱく質の座標から， ブレオマイシンを除いたものを使用します． まずブレオマイシンを除いた座標を作る必要がありますが， UNIX版の場合はPDBファイル"blm_ab_nosec.pdb"を エディタなどで開いて該当行を削除してやります． Windows版のCueMolでは，GUIを使用して以下のように読み込んだ座標から ブレオマイシンを削除できます．
次に，変換した座標ファイルを使用して実際に分子表面データを生成します． MSMSの起動時に"-h"オプションを指定するとコマンドラインオプションの 説明が表示されます． そのうち主に使用するのは，
でしょう． C:\molsurf>msms253.exe -density 3 -if blm.xyzr -of blm MSMS started on Local PC Copyright M.F. Sanner (1994) Compilation flags INPUT blm.xyzr 1884 spheres 0 collision only, radii 1.600 to 1.980 PARAM Probe_radius 1.500 density 3.000 REDUCED SURFACE ... ... (略) ... MSMS terminated normally 上記の例では，-densityオプションを使用してデフォルト値1.0より細かさを上げています． densityは小さい分子だと３以上にしても問題ないですが， リボソームなど大きい分子でデフォルト以上にするのは（マシンスペックによりますが）やめといたほうがいいでしょう． あと，遠くから見た図を作るのであればデフォルト値で十分ですが， クローズアップした図を作る場合は3以上にしたほうがポリゴンが目立たなくなります． 上記の実行の結果，"blm.face"と"blm.vert"，2つのファイルが出来上がります． 表示にはファイル両方とも必要です． MSMS形式の読込と分子表面の表示以下のスクリプトでMSMSのファイルを読み込んで表示します．(blmsurf_1.qs)  01: $pwd = sys.getScriptPath();
02:
03: $surf = readMSMS($pwd+"blm.face", "surf");
04: $r_sf = $surf.createRend("r_sf", "molsurf");
05:
06: $mol = readPDB($pwd+"blm_ab_nosec.pdb","blm_ab");
07:
08: $mol.select(%{resn blm%});
09: $r_blm = $mol.createRend("r_blm", "ballstick");
10: $r_blm.setProp("sphr", 0.5);
11: $r_blm.setProp("bondw", 0.4);
12:
13: gfx.setCenter($r_blm.getCenter());
14: gfx.updateView();
色の変更など単純なべた塗り色の変更は， レンダラー(molsurf)のdefault色プロパティーdefcolを変更することで行えます． $r_sf.setProp("defcol", color(1,0,0));
molsurfレンダラーには，複雑な着色を行うために 様々なプロパティーがありますが，それらについては， で説明しています． |
