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電子密度の読み込み

次に，電子密度を読み込んでみましょう．ここでは，1QIOの構造因子とモデルから計算した2Fo-Fc電子密度マップlysozyme_2fo-fc.brix（O brix形式）を例として使用しています． ( サンプルファイルは以下から取得可: tar.gz format or zip format )

ファイルを開くダイアログでBRIX Density Mapを選択し，lysozyme_2fo-fc.brixを選択して「開く」ボタンを押します．するとオプションダイアログが表示されます．

「Name」で読み込む電子密度のオブジェクトを指定します．ここではデフォルト(lysozyme_2fo-fc)のままにしておきます． CueMolでは，電子密度も分子モデルなどと同様にオブジェクトとしてメモリー上に格納されます．Rendererのcomboboxからcontourを選択して，（他はdefaultのままで） OKボタンを押すと電子密度が表示されます．

これではいったい何が何だかよくわかりませんね． わかりやすいように，モデルの分子構造も読み込んで重ねて表示してみます． 分解能が高い結晶構造の場合は分子のほうをsimple rendererで表示すればわかりやすいでしょう(Step1参照)．

この図のようにzoomしてslab (Step2参照)を薄くしてやれば見やすくなります． ところで，なぜcontourというのかというと，普通出てくる電子密度の表示は， 山の地図などでおなじみの２次元の等高線(contour)表示を ３次元に拡張したものだから，というわけです．

電子密度の表示・表示変更

GUIメニューの「Window」→「Density map palette」がチェックされている状態なら， 下図のようなパレットが表示されているはずです． このパレットからは，density map objectにアタッチされたcontourレンダラー（ここでは緑色の網目表示と思ってください）のプロパティーを変更できます．

ボタンなどには以下のような機能があります．

さらに，電子密度表示の設定は，Workspace paletteに表示されている 当該レンダラーをダブルクリックすることでも可能です．(Step5も参照)

このダイアログで設定できる値は，Thickness(線の太さ)以外は パレットのものと同じです．

表面の陰影つき表示

電子密度のrendererとしては，あとisosurfというのがあります． これは，contourがメッシュ表示なのに対し，表面を陰影付け表示します． しかし，電子密度自体の表示が前面に出てしまって肝心の原子モデルのほうが 見にくくなってしまうので，こういう表示は論文とかではあまり使われていないようです．

isosurfのプロパティーはパレットからは変更できません． 上記の(workspace paletteをダブルクリックして出てくる)ダイアログを使用して 設定変更が可能です．