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原子間の距離などを測る

CueMol2では,GUIから原子を選択して 原子間の距離,角度,二面角を測定することができます.

2原子間の距離

まず,リゾチームの分子をsimpleレンダラーで表示してください. 次に,ウィンドウ上部のリボン(デフォルトではHomeになっている)を, Measureにすると距離測定モードになります.

distsel_mesuretab1.png

Measureリボンが選択された状態では,リボン中に「Distance」,「Angle」,「Torsion」3つのボタンが表示されています. デフォルトでは,2原子間の距離を測定するDistanceが選択されています.

この状態で,距離を測定したい2つの原子のうち, まず1つめの原子をクリックすると,白色のマークが表示されます.

distsel_1atom1.png

次に,2原子のうち2原子目をクリックすると, 図のように原子間に点線が引かれ,その間の距離が線付近に表示されます.

distsel_defined1.png

さらに,Log windowの方に,選択した各2原子の原子名と距離が出力されます.

distsel_logwnd1.png

Atom pickのキャンセル

上記のように,1つめの原子をクリックすると白色のマークが表示されますが, 誤ってクリックしてしまった場合など,pickをキャンセルしたい場合があるかも知れません.

その場合は,Homeタブをクリックして,Measureモードを抜けると, 白色マークが削除され,Atom pickもキャンセルされます.

3原子で作られる角の角度

距離の場合と同様にして,3原子で作られる角の角度を測定し表示することが出来ます.

Measureリボン中の「Angle」ボタンを選択してください.

distsel_mesuretab2.png

そして次に,まず1つめの原子をクリックすると,白色のマークが表示されます.

同様に2つの原子をクリックすると,白色のマークが表示されます.

次に,3原子目をクリックすると, 図のように原子間に点線が引かれ,その間の角度が線付近に表示されます.

anglsel_defined1.png

上図では,Ser72 OG(側鎖OHの酸素)と,Na130と,Ser60 O(主鎖カルボニルの酸素)の3原子を順に選択しNa+イオンの配位子間の角度を測定した例です.

4原子で作られる二面角の角度

距離の場合と同様にして,4原子で作られる二面角の角度を測定し表示することが出来ます.

Measureリボン中の「Torsion」ボタンを選択してください.

そして,二面角を構成する4原子を順々にクリックしていってください. 4原子目をクリックすると4原子間に点線が引かれ,二面角の角度が線付近に表示されます.

距離・相互作用表示レンダラー

以上のように原子をクリックして距離などを表示できたと思いますが, これらの表示を行っているのがatomintrレンダラーです. Sceneパネルの方を見ると,measureという名称のatomintrレンダラーが勝手に作られているのがわかると思います.

atomintr_rend1.png

そのため,左方にある目玉アイコンをクリックすると,この相互作用表示を一時的に消すことができます.また,measure (atomintr)を選択した状態で,下方の「−」ボタンを押せば相互作用表示を削除することができます.

次節では,このatomintrレンダラーについてさらに詳しく見ていくことにします.

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Last-modified: Thu, 27 Oct 2011 12:19:59 JST (3648d)