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CueMol

CueMol (きゅうもる) は生体高分子の構造を見るためのソフトウェアです．以前のバージョンではQueという名前でした．

近年ちまたには，フリーのも含め結構な数の分子ビューワー/モデリングプログラムが出回ってます．しかし，それぞれかなりくせがあり，いちいちマニュアルを熟読しないと使い方がわからないものが多いと思いませんか？

というわけで，ぽちぽちいじっているだけで使い方がわかるような，わかりやすいユーザーインタフェイスを目指して作っています．

さらに，スクリプト言語QScriptにより複雑なバッチ処理を行えるのも特徴の一つです．

2008/12/25: 1.1.0 build 189をアップしました．
MTZファイル読み込みに関するbugfixです．
変更点はUpdatesに掲載しました．

2008/11/16: 1.1.0 build 187をアップしました．
MTZファイルから直接電子密度を読み込めるようになりました．
変更点はUpdatesに掲載しました．

2008/6/30: 1.1.0 build 181をアップしました．
Ballstick, AnisouレンダラーでMQO形式書き出しなどを行うと，正しく表示されないのを修正．
TubeやRibbonの残基間接続を，ピボット原子間の距離ではなく，結合にかかわっているボンドの距離に基づいて判断するように改善．
PDB読み込み時オプションに，XPLOR/CHARMM/CNSのSegment IDを強制的にChain IDとして扱うオプションを追加．

2008/4/20: 1.1.0 build 180をアップしました．
anisouレンダラーでpovray書き出しなどを行うと，楕円体が正しく表示されないのを修正．

2008/1/14: 本年もよろしくお願いいたします．
1.1.0 build 179をアップしました．
Metasequoia MQO形式での出力を改善しました．それ以外にBug fix等を行いました．

Version 1.1.0における主な機能は以下のとおりです．

ひととおり（？）のviewerとしての機能
- クリックによる分子残基の選択
- chain, residue numberによる分子の選択
- 選択分子の表示
- 結晶学的対称分子の表示
- 単位胞(Unit cell)の表示
- 原子間の距離,角度,二面角の表示
- Stereo support (crystal eyes)
蛋白質・核酸分子の表示機能
- PDB形式読み込み
- Stick model
- Main chain trace
- Ball&stick model
- CPK model
電子密度の表示機能
- CCP4形式(Map/MTZとも可), X-PLOR/CNS ascii形式, O BRIX 形式
- 等電荷面のメッシュ状表示 (動的にcontour levelを変えられます)
- 任意の(立方体)範囲の電子密度を表示
セッション・ファイルの保存，読込み
モデリング機能
- 無制限 Undo/Redo
- カット＆ペーストによる分子の編集
- 分子の選択部分の移動・回転
- 分子の側鎖二面角等の回転
- 分子間の最小二乗重ね合わせ
スクリプトによるバッチ的な処理