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CueMol

CueMol (きゅうもる) はMozilla xulrunnerベースの生体高分子の構造を見るためのソフトウェアです．

近年ちまたには，フリーのも含め結構な数の分子ビューワー/モデリングプログラムが出回ってます．しかし，それぞれかなりくせがあり，いちいちマニュアルを熟読しないと使い方がわからないものが多いと思いませんか？

というわけで，OSのGUIとシームレスでかつ，わかりやすいユーザーインタフェイスを目指して開発を進めています．

CueMolについてのコメント，質問，要望は

2012/1/19: バージョン2.0.1.188 Windows・MacOS X版を公開しました．
変更点は，viewer専用のファイル形式への書き出し・読み込み機能の追加などです．

2012/1/1: バージョン2.0.1.183 Windows版のインストーラーにバグがあり，インストールされたCueMol自体が正しく動かないことが分かりました．近日中に修正バージョンをリリースします．

2011/12/31: Documentsを更新しました（分子表面，電子密度，ボンドの作成法など）．あと，部分的にQSCファイルをダウンロードすることで簡単に例を試せるようにしてみました．

2011/11/21: バージョン2.0.1.172 Windows・MacOS X版を公開しました．変更点はUpdatesに掲載しました． Cartoon表示の実装，ActiveX controlの実装(Windowsのみ)などが追加されました．

2011/10/23: バージョン2.0.1.161 Windows・MacOS X版を公開しました．変更点はUpdatesに掲載しました． qsc読み書きに関するバグフィクスなどが含まれます．

2011/9/17: バージョン2.0.1.153 Windows版・MacOS X版を公開しました．変更点はUpdatesに掲載しました． mtz読み込みに関するバグフィクスなどが含まれます．

2011/9/15: phenix.refine 1.7以降で生成したmtzファイルを正しく読み込めないようです．オプションでccp4形式のmapを出力，それを読み込めば問題ありませんが，現在原因究明中です．

Version 2における主な機能は以下のとおりです．

先進的なユーザインタフェイス
- タブブラウザのようなユーザインタフェイス
- 複数シーン，マルチ・ビューのサポート
- シーン内，シーン間での分子や表示等のコピー＆ペースト
- シーンごとに独立したUndo/Redo機能
分子Viewerとしての機能
- クリックによる分子残基の選択
- ドラッグ矩形による分子残基の選択
- 文（chain, residue number, atom nameなど）による分子の選択
- 選択分子の表示
- 結晶学的対称分子の表示
- 単位胞(Unit cell)の表示
- 原子間の距離,角度,二面角の表示
- Stereo support (crystal eyes/nvidia 3D vision)
蛋白質・核酸分子の表示機能
- PDB形式読み込み
- Ball&stick model
- CPK model
- Tube model
- Ribbon model
- Cartoon model
- Molecular surface (solvent-excluded surface)の生成
電子密度の表示機能
- Map (CCP4形式)
- Structure factor (CCP4 mtz形式)
- 等電荷面のメッシュ状表示 (動的にcontour levelを変更可能)
- 任意の(立方体)範囲の電子密度を表示
セッション・ファイルの保存，読込み
- XML形式のセッション・ファイル(テキストエディタでの編集も可能)
分子間の最小二乗重ね合わせ
タンパク質分子の二次構造に基づいた重ね合わせ
外部プログラムとの連携
- APBS(+pdb2pqr)による静電ポテンシャル計算
- POV-Rayによるレンダリング