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xformMat propertyを使った重ね合わせ

xformMat propertyを使用することで,2つの分子を重ね合わせたとき,第3のオブジェクトも一緒に動かすことができます.

例えば,分子Aと分子Cが複合体を作っていた場合,通常の重ね合わせの方法では,AをBに重ね合わせた場合,Cが取り残されてしまいますが,この方法を用いると,CもAと一緒に動かすことが可能になります.

重ね合わせの実行

まず,メインとなる分子の重ね合わせを行います.上記の例だと,AをBに重ね合わせます.

AlgorithmはLeast Squareでも,Secondary Structure Matchingどちらでも使用可なので,状況に応じたものを選んでください.

その際に,Molecular superpositionのdialogで, Use xformMat propertyをチェックして,OKを押します

(図)

xformMat propertyの取得

重ね合わせを行った後,Moving側(上記の例ではA分子)のプロパティーを開き,Genericタブから,xformMat propertyを探します.以下のように,数値の羅列が入っているはずです.

(図)

この数値は,分子AをBに重ね合わせるための変換行列を表しています 括弧を含む数値の羅列をコピーしておきます.

xformMat propertyの設定

次に,第3のオブジェクト(上記の例ではC分子)のプロパティーを開き,Genericタブから,xformMat propertyを探します. xformMat propertyは設定されていないため,defaultがチェックされ,値としては(identity)すなわち単位行列が設定されています.

(図)

Defaultのチェックを外すと,値が変更できるようになるので,先ほどコピーした数値の羅列をペーストし,OKボタンを押してください.

以上の操作により,第3のオブジェクトC分子も分子Aと一緒に移動し,表示されるようになります.

上記の例では,第3のオブジェクトも分子オブジェクトを使用しましたが,現在の実装では分子表面オブジェクトMolSurf,電子密度オブジェクトDensityMap,静電ポテンシャルオブジェクトElePotに適用可能です.


Last-modified: Thu, 15 Feb 2018 09:16:33 JST (129d)