Documents/QScriptのチュートリアル/StepA3CueMol: Molecular Visualization Framework |
[ このページのサンプルファイル: tar.gz format or zip format ] ジスルフィド結合リゾチームにはジスルフィド結合があるようなので, ここでジスルフィド結合をCueMolに認識させる方法を説明しておきます(ssbonds.qs) 01: $pwd = sys.getScriptPath(); 02: 03: $mol = readPDB($pwd+"lysozyme-1qio.pdb","lyso"); 04: 05: # make S-S bonds 06: makeBond($mol, se/A.6.SG/, se/A.127.SG/); 07: makeBond($mol, se/A.30.SG/,se/A.115.SG/); 08: makeBond($mol, se/A.64.SG/,se/A.80.SG/); 09: makeBond($mol, se/A.76.SG/,se/A.94.SG/); 10: 11: # protein tube 12: $mol.select(se/c; A,B/); 13: $r_ca = $mol.createRend("r_ca", "tube"); 14: 15: # Trp stick model 16: $mol.select(se/c; A & resn CYS & !name C,N,O/); 17: $r_cys = $mol.createRend("r_cys", "ballstick"); 18: $r_cys.setProp("sphr", 0.35); 19: $r_cys.setProp("bondw", 0.25); 20: $r_cys.setProp("coloring.col_C", color.hsb(60,0.5,1.0)); 21: 22: gfx.setCenter($r_ca.getCenter()); 23: gfx.updateView();
同様の手順を使用して,アスパラギンやスレオニンに共有結合した糖鎖の共有結合なども表示することが可能です. |